早上起來肚子會痛可能是生理因素、腸道菌群失調、急性腸胃炎等因素引起的，建議及時去正規的醫院進行檢查。
1、如果是生理因素，一般是由于受涼、受風等因素引起的，通常無需特殊治療，注意保暖，避免腹部受涼、受風即可。
2、如果是腸道菌群失調，通常還會伴有便秘、腹瀉等癥狀，建議在醫生指導下使用復方嗜酸乳桿菌片、黃連素片藥進行治療。
3、如果是急性胃腸炎，通常還會伴有嘔吐、腹脹、惡心、腹瀉等癥狀，建議患者在醫生指導下使用雙歧桿菌活菌膠囊、左氧氟沙星片、鹽酸洛哌丁胺膠囊等藥進行治療。
除以上常見病因，還可能是胃潰瘍引起的，通常還會伴有反酸、燒心等癥狀，建議患者及時去正規的醫院排查風險。