新生兒肥厚性幽門狹窄想要痊愈需要盡早通過手術治療，相對于其他治療方式效果比較好。新生兒幽門肌肥厚會導致輸出道梗阻、幽門肥厚性狹窄，采用幽門肌切開術屬于比較好的治療方法，療程短，效果好。
新生兒幽門狹窄手術最好在一個月左右進行，新生兒先天性肥厚性幽門狹窄的治療方式，目前只有手術效果相對較好，其他比如服用藥物、胃內插管等保守治療效果都不理想。只有在麻醉下通過手術行幽門的環肌切開，讓幽門的黏膜膨出，解除幽門部的梗阻，讓食物通過幽門通暢才能將此病根治，服用藥物和其他的治療方式都沒有明顯的效果。幽門的環肌切開手術，是在上腹部做一個切口，然后將幽門環肌切開分離，也可以在麻醉下行腹腔鏡下幽門環肌切開。相比而言，腹腔鏡下做幽門的環肌切開更加微創，恢復更快。營養不良者還需要給予靜脈營養，改善全身情況。
若發現新生兒存在幽門肥厚性狹窄的情況，要及早就醫，明確診斷后配合醫生積極治療。新生兒在做完手術之后，家長要注意生活環境保持清潔，避免手術傷口感染，從而影響到手術的效果。