心尖肥厚型心肌病后期患者有可能出現心功能不全、房顫、猝死等問題，因此，在治療中要重點關注心功能，如強心利尿劑、地高辛、螺內酯、呋塞米等。
在提高心臟功能的同時，還需使用倍他樂克，以降低心肌梗死等并發癥，并使用華法林抗凝，以防止血栓的形成。心尖肥厚型心肌病后期心功能不好，使用強心利尿藥物等藥物治療，效果不理想，可以進行心臟移植等手術。