由于個體差異，一般沒有“腎結核最常見的晚期并發癥是什么”的說法。腎結核晚期常見的并發癥包括膀胱攣縮、腎積水、膀胱陰道瘺等。
1、膀胱攣縮：當腎結核病變蔓延至膀胱時，可引起膀胱黏膜局部或廣泛的充血、水腫，并可出現結核結節。結核結節互相融合形成潰瘍，可累及全膀胱，病變愈合，導致膀胱壁廣泛纖維化和瘢痕收縮，使膀胱壁失去伸張能力，膀胱容量顯著減少，即為膀胱攣縮。
2、腎積水：該病是腎結核的常見并發癥，主要是由于輸尿管結核引發的黏膜充血、腫脹或瘢痕狹窄所致。腎結核病情發展累及膀胱和對側輸尿管時，可導致對側輸尿管口狹窄或閉合不全，進而誘發對側腎積水。
3、膀胱陰道瘺：腎結核患者病情累及膀胱，病變向深層侵襲，可穿透膀胱壁，形成膀胱陰道瘺。
此外，還可引起膀胱直腸瘺、積膿腎、腎衰竭等并發癥。上述情況對患者的危害是比較大的，應盡快前往醫院就診，明確診斷后進行合理的治療。