多重耐藥菌是指對三類或三類以上的抗菌藥物同時耐藥的細菌，包括多種多樣的細菌。臨床上并沒有“五類七種”的說法。常見的多重耐藥菌包括耐甲氧西林的金葡菌、耐萬古霉素的腸球菌、多重耐藥的銅綠假單胞菌、多重耐藥的嗜麥芽窄食單胞菌、耐碳青霉烯類抗菌藥物的鮑曼不動桿菌、多重耐藥的結核分枝桿菌等。
多重耐藥菌可以使藥物滲入細菌的量減少，使細菌產生滅活抗生素的酶，如β-內酰胺酶來抵抗藥物。另外，細菌膜抗生素結合蛋白的改變、細菌靶結構的改變、細菌代謝拮抗劑產生或代謝旁路的產生均可產生耐藥機制。
研究細菌的耐藥機制，可以幫助研發新的抗菌藥物，指導臨床合理使用抗菌藥物，及時控制感染性疾病的流行。多重耐藥菌的出現與臨床上廣泛使用抗生素所造成的“抗生素選擇壓力”有關，同時也使臨床抗感染治療面臨嚴峻的挑戰。抗生素濫用還會使細菌變異耐藥株增多，增加感染性疾病的管理和治療難度。因此，合理使用抗菌藥物十分重要。
