泮托拉唑為常見的質子泵抑制劑，能特異性的抑制壁細胞的部分酶，引起部分酶不可逆性的抑制，從而有效地抑制胃酸的分泌。泮托拉唑與其他藥物配伍時，具有藥物間相互作用小的優點。一般該藥不能和抗逆轉錄酶病毒藥物、抗凝藥物、抗真菌藥物等合用。
1、抗逆轉錄酶病毒藥物：如阿扎那韋、奈非那韋、拉米夫定等，泮托拉唑與這類藥物合用可影響后者的藥效，如泮托拉唑鈉能夠減少阿扎那韋或奈非那韋的血漿濃度，導致其療效降低，故二者不能合用；
2、抗凝藥物：如華法林，泮托拉唑鈉和該藥合用可能會增加凝血酶原時間，導致異常出血的風險相應增加，甚至可能引起死亡，故二者不能合用；
3、抗真菌藥物：如酮康唑、伊曲康唑等藥物在胃腸道中的吸收取決于胃內pH值，應用泮托拉唑后可能會降低胃內的pH值，使這類藥物在胃腸道中的吸收減少，生物利用度也可能降低，故二者不能合用；
4、其他藥物：如碳酸鈣，泮托拉唑可以降低胃內酸度，從而抑制碳酸鈣中的鈣離子的游離情況，并抑制其與磷酸鹽結合，故二者不能合用。
在使用泮托拉唑治療期間，如果需要與其他藥物合用，一定要經過醫生的同意。在專業人員指導下合理、安全應用，切勿擅自合用。