農村合作醫療是我國為減輕農民看病負擔而設立的一項重要政策。對于手術治療，農村合作醫療通常會報銷大部分費用，但具體報銷比例和范圍需要根據當地政策和醫院的規定來確定。
手術治療的報銷流程一般包括：患者在出院時攜帶相關資料（如病歷、發票、診斷證明等）到當地村委會或鄉鎮衛生院進行申請。村委會或衛生院會對材料進行初審，初審通過后提交到縣級醫保部門進行復核。
關于手術自費部分能否二次報銷，這取決于當地的具體政策。一般來說，農村合作醫療的報銷范圍包括基本醫療費用，而自費部分如進口材料、特殊藥物等可能不在報銷范圍內。
如果患者對報銷比例或自費部分有疑問，建議及時與當地村委會或鄉鎮衛生院聯系，了解具體的報銷政策和流程。此外，也可以咨詢當地縣級醫保部門，獲取更詳細的指導。
需要注意的是，農村合作醫療的報銷政策可能會因地區而異，不同地方的具體規定可能有所差異。因此，在實際操作中，最好提前了解當地的報銷細則，避免因信息不對稱而影響報銷進度。
總之，農村合作醫療為農民提供了重要的醫療保障，但報銷的具體情況還需根據當地政策來確定。對于手術治療的自費部分是否能二次報銷，建議患者及時與相關部門溝通，確保自己的權益得到保障。