小孩流腦疫苗既可以自費打，也可以免費打，兩種注射情況所用疫苗通常不同，在能夠預防的疾病種類方面存在一定區別，需要根據實際情況選擇。
流腦是由腦膜炎球菌感染引起的疾病，腦膜炎球菌有13種血清群，主要的流行菌群有六種，A、C、W、Y、B、X群。流腦疫苗是用來預防流行性腦脊髓膜炎的疫苗，能夠提高身體抵抗力。流腦疫苗包括A群腦膜炎球菌多糖疫苗、A群C群腦膜炎球菌多糖疫苗、ACYW135群腦膜炎球菌多糖疫苗。
其中，A群腦膜炎球菌多糖疫苗、A群C群腦膜炎球菌多糖疫苗均為國家免疫程序的免費流腦疫苗，A群腦膜炎球菌多糖疫苗只能預防由A群感染引起的腦膜炎，A群C群腦膜炎球菌多糖疫苗可以同時預防由A群和C群感染引起的流腦。
而ACYW135群腦膜炎球菌多糖疫苗屬于自費疫苗，用于預防由A群、C群、Y群及W135群腦膜炎奈瑟球菌引起的流行性腦脊髓膜炎，免疫力比較弱、經濟條件比較好的人群可以自費進行接種。
接種流腦疫苗后，需要注意觀察接種者反應，如果出現體溫升高的情況，或者溫度過高的情況比較嚴重，需要及時到醫院小兒感染科就診，通過血常規等檢查明確病因，并及時進行治療。