一般來說，神曲的副作用是，當使用不當時，易誘發其他藥物降低功效。至于神曲毒性，若處理或保存不當可能造成黃曲霉素等毒素感染，繼而誘發中毒，嚴重者甚至會有生命危險。
神曲不是一種單純的植物類草藥，其主要是由青蒿、杏仁泥、赤小豆等植物經面粉或者麩皮包裹后發酵產物。首先，通常情況下神曲使用不當時，易誘發其他藥物降低功效的副作用，如同滋補內藥物配合食用后，因神曲具有脾和胃、消食調中的功能，當滋補食物需要在體內進行滋膩礙胃，促進機體充分吸收時，神曲協同采用易降低滋補藥物功效；其次，神曲在處理過程需要十分注意衛生情況與藥材新鮮程度，嚴禁夾雜變質材料，以防黃曲霉素污染產生毒性。因此，神曲處理或保存不當易造成黃曲霉素污染繼而導致中毒。
綜上所述，可了解到神曲的副作用與毒性其實比較純粹，較其他中藥相比相對較少，但仍建議在專業醫師指導下服用此藥。不提倡在家自行配置神曲，以免出現不可預料的風險，建議前往正規醫院在專業醫師指導下服用。