六神曲屬于較為常見的中藥材，一般不適合實熱證患者、對六神曲過敏者、肝腎功能不全者等人吃。
1、實熱證患者：因為六神曲味甘、辛，性溫，如果患者因熱邪侵入機體，從而導致體內熱邪亢盛，存在口干、口苦、口臭、大便干結等實熱證癥狀，此時吃六神曲容易加重內熱，不能使病情得到較好改善。此時一般可在醫生指導下使用黃連上清丸、牛黃清火丸等藥物治療，起到清熱瀉火的作用，促進病情恢復。
2、對六神曲過敏者：六神曲作為一種中藥材，是辣蓼、青蒿、蒼耳草、赤小豆、苦杏仁加入面粉或麩皮混合后，經發酵制成的曲劑。如果患者對其中任意成分過敏，就不能吃六神曲，以免吃了引發過敏反應，導致身體健康受到不必要的損害。
3、肝腎功能不全者：因為藥物一般會進入肝腎代謝，所以如果患者存在肝腎功能不全的情況，吃六神曲容易加重肝腎負擔，甚至造成肝腎功能進一步受損。
此外，脾胃陰虛者、哺乳期女性等通常也不適合吃六神曲，建議用藥時根據個人實際情況在醫生指導下規范進行。