睡覺醒來牙齒咬合酸痛，可能是因為晚上睡覺磨牙、牙齒敏感、食道反流、牙周炎等原因導致，需查明具體病因后，再進行針對性治療。
1、睡覺磨牙：部分人群晚上睡覺時磨牙，長期磨牙對牙齒的牙釉質會造成一定的損傷，而且牙齒運動過度也可引起睡覺醒來牙齒咬合酸痛等不適感。這種情況可通過肉毒桿菌毒素注射來降低肌肉的興奮性，減輕磨牙的癥狀，也可采用中樞神經系統藥物，如地西泮、谷維素等來改善睡眠質量，降低大腦中樞興奮性等；
2、牙齒敏感：部分人群的牙齒本身就比較敏感，加上晚上睡覺時張口呼吸，冷空氣直接從口腔進入刺激牙齒，導致睡覺醒來牙齒咬合酸痛，要注意及時改變張口呼吸，如果是扁桃體肥大引起的張口呼吸，可通過手術切除扁桃體進行治療。如果是感冒等呼吸系統疾病引起的張口呼吸，可采用抗生素藥物進行緩解，如阿莫西林等；
3、食道反流：食道反流引起口腔分泌大量唾液或胃酸等物質，牙齒浸泡在這些酸性液體中被腐蝕，而引起睡覺醒來牙齒咬合酸痛的情況，可適當采用抑制胃酸的藥物，如奧美拉唑、雷貝拉唑等藥物進行治療，同時可配合黏膜保護劑，如鋁碳酸鎂等吸附胃酸和膽汁，以保護胃黏膜；
4、牙周炎：如果患者本身就存在牙周炎的現象，經過一晚上，牙周炎的癥狀加重，也可引起睡覺醒來牙齒咬合酸痛的癥狀。對于細菌感染導致的牙周炎，可采用抗生素藥物進行治療，如阿莫西林等，也可采用局部抗炎藥物，如鹽酸米諾環素等，清除牙周組織的菌斑，從而消除炎癥；
5、顳下頜關節病：顳下頜關節紊亂、顳下頜關節炎等可出現咬合異常、咀嚼肌筋膜疼痛等癥狀，導致睡覺醒來牙齒咬合酸痛。臨床上常使用布洛芬、雙氯芬酸鈉等止痛藥物止痛治療。如果顳下頜關節炎癥較重，可使用頭孢呋辛、美羅培南等抗生素進行消炎治療。