膽囊半夜疼早上又好了，可能是迷走神經興奮性增高、膽囊受壓迫、膽囊炎等因素導致的，建議根據病因采取合適的治療。
1、迷走神經興奮性增高：在夜晚進食后，因為人體活動減少，食物不易消化，可能會刺激迷走神經興奮性增高，引起膽囊收縮，出現疼痛，在早期食物消化后又可能會消失。建議睡前不要飲食過多，注意營養均衡，飯后適當運動，幫助消化。
2、膽囊受壓迫：如果在睡覺時沒有注意體位，導致膽囊受到壓迫，可能會引起膽囊疼痛，解除壓迫后疼痛可能會消失。建議日常盡量保持正常的體位，盡量不要讓身體各部位受到壓迫，避免引起不適。
3、膽囊炎：膽囊炎可能是膽汁淤積、細菌感染等因素導致的，可能會引起腹部絞痛、右肩背部放射性疼痛等不適癥狀，在夜間加劇。建議及時采取治療，一般可以遵醫囑使用硫酸阿托品注射液、去氫膽酸片等藥物治療。
此外，膽囊炎合并有膽囊結石也可能會引起上述癥狀，建議及時采取治療。