肺炎克雷伯菌是醫院感染常見致病菌，感染可累及多種器官或組織，引起肺炎、尿路感染、敗血癥等。其有多種耐藥機制，治療用藥應根據具體情況來選擇。
一般病例，在未獲藥敏結果前最常應用頭孢菌素類和氨基糖苷類，兩者體外具有協同作用，可以聯合應用。可首選第3、4代頭孢菌素，如頭孢噻肟、頭孢曲松、頭孢他啶和頭孢吡肟等，病情嚴重者可加用氨基糖苷類藥物如阿米卡星、慶大霉素等。對有腎損害的患者或者老年人，應避免使用氨基糖苷類藥物，替代藥物有氟喹諾酮類藥物、β-內酰胺類和β-內酰胺酶抑制劑的復合制劑等。對于產生超廣譜 β-內酰胺酶的菌株，不再選用第3代頭孢菌素或第4代頭孢菌素，應首選碳青霉烯類抗生素，如亞胺培南-西司他丁鈉、厄他培南等，次選藥物為β-內酰胺類和β-內酰胺酶抑制劑的復合制劑，嚴重病例可選擇上述藥物與氨基糖苷類聯合應用。
除藥物治療外，肺炎克雷伯菌感染還可進行對癥及支持治療，如祛痰止咳、氧療、糾正水電解質平衡等，患者應在醫生指導下積極配合治療。