一般情況下，肺炎支原體陽性的危害是可能會出現明顯的肺炎，可以表現為發熱、咳嗽、咳痰、咽痛等癥狀，有時還可能會加重，成為重癥肺炎。如果出現重癥肺炎，就有可能導致低氧血癥、頑固性的呼吸困難。
肺炎支原體陽性的癥狀輕重不一，青少年患病率高，秋冬季節容易發作，部分患者可能癥狀比較輕。肺炎支原體陽性比較典型的是支原體感染癥狀，早期主要表現為上呼吸道的癥狀，如咽痛、發燒等，2-3天以后可能會有劇烈的刺激性咳嗽，通常持續比較長的時間。有部分支原體的感染患者還會有其它系統的損害，比如結節性紅斑、皰疹等，即皮膚上出現皮損；還會有消化道癥狀，如嘔吐、腹瀉和肝功能損害等。
平常一定要監測相關炎癥指標，可以檢查血常規、降鈣素原、C反應蛋白以及肺部CT等、檢查。