男人小便疼痛的原因很多，主要考慮存在泌尿系統感染、生殖系統感染、泌尿系統結石、腫瘤。出現男人小便疼痛的癥狀后應及時就醫，根據具體病情進行對癥治療。
1、泌尿系統感染：常見于尿路感染，尤其是下尿路感染時，會造成尿道黏膜表面的充血、水腫，當有尿液經過尿道時可導致小便疼痛。男人還可能會出現尿頻、尿急等癥狀，同時可以伴有下腹部墜脹不適，排尿終末段有肉眼血尿等。如果是上尿路感染，同時可能還伴有腰痛，以及全身發熱等癥狀；
2、生殖系統感染：如前列腺炎、精囊炎，在急性前列腺炎和急性精囊炎發作時，在排尿過程中細菌從前列腺、精囊部位沖到尿道內部，從而在尿道內部聚積，由于細菌會破壞尿道的正常結構，會引發小便疼痛。也可能會伴有尿頻、尿急等癥狀，同時可能會出現局部下腹部墜脹、會陰區疼痛；
3、泌尿系統結石：通常見于下尿路結石，如膀胱結石以及尿道結石，導致尿道梗阻，會引起排尿不暢、小便疼痛等表現；
4、腫瘤：腫瘤相對少見，當泌尿系統或者是生殖系統的惡性腫瘤不斷進展，如膀胱癌侵犯尿道時，由于腫瘤壓迫，男人會出現排尿異常，如小便疼痛。
如果在膀胱充盈時間較長時出現小便疼痛，可能是因為膀胱充盈度過高導致，這種情況如果只存在1-2次屬于正常，可不用干預。如果長期存在，小便疼痛不能緩解，建議去醫院專科科室做相應的影像學檢查，查找病因對癥處理。