并不是所有的胃腸道感染都需要使用抗生素，病毒感染無特效藥物，若是細菌感染，可以先進行細菌學培養，然后根據藥敏試驗結果，選擇敏感的抗生素進行應用，以達到更好的治療效果，常用的抗生素有喹諾酮類、頭孢類、氨基糖苷類等。
1、喹諾酮類：對大部分的胃腸道菌都比較敏感，如大腸桿菌、沙門氏菌等，輕度感染可以口服藥物，嚴重感染的患者需要通過靜脈注射抗生素治療，代表藥物有鹽酸左氧氟沙星注射液、氧氟沙星注射液、諾氟沙星注射液等，但對喹諾酮類藥物過敏、18歲以下的青少年要禁用；
2、頭孢類：可以較好耐受胃酸，起到直接殺滅細菌的作用，胃腸道感染常用的有第二代、第三代頭孢類抗生素，代表藥物有頭孢曲松鈉、頭孢呋辛酯等，對頭孢類藥物成分過敏、飲酒后的患者禁用；
3、氨基糖苷類：可以破壞細菌的蛋白質，對于需氧的革蘭陰性桿菌，具有較強的抗菌作用，常用的代表藥物有慶大霉素、卡那霉素等，用藥過程中要注意檢測腎功能和耳毒性，部分患者可能會出現腎損傷，兒童用藥可能會導致神經性耳聾。