正常水平的芽孢桿菌對人體無害，如果過量，可能有害，還需要到正規的醫院進行檢查。
芽孢桿菌是一類能產生抗力內生孢子的革蘭氏陽性菌，常見的包含枯草芽孢桿菌，主要存在于人體的腸道內，能夠提高人體的免疫功能，同時也能夠對其他致病菌起到抑制的作用，如果是在正常指標之內，并不會對身體健康造成太大的影響。
如果在平時經常吃一些含有芽孢桿菌的食物，導致體內的芽孢桿菌大量的繁殖，比如炭疽芽孢桿菌，會導致身體健康受到影響，也會引起指標偏高，也有可能會導致感染，導致皮膚表面出現水皰或者是膿瘡，會對身體健康造成一定的影響。