根尖囊腫手術具體要幾個小時，需要根據囊腫的大小，以及囊腫周圍是否有重要解剖位置進行判斷，一般在1-3小時。建議根尖囊腫患者及時就醫，遵醫囑進行相應治療，以免延誤病情。
部分患者的根尖囊腫比較小，經過拍攝CBCT評估后，發現囊腫比較局限，且周邊未存在較重要的一個解剖部位，一般可以選擇門診手術。即進行微創纖維的治療和縫合，由于手術相對較為簡單，所以大概時間在1個小時。對于根尖囊腫范圍比較大，頜骨破壞比較多，或根尖囊腫周圍存在較多重要解剖部位的患者，如周圍存在神經血管，此時需要采用全麻手術。減輕患者痛苦，較好地控制術中出血的情況。此類情況下全麻的手術的時間，包括術前的麻醉時間、手術時間，以及術后清醒的時間，所以手術時間相對較長，可能需要2-3個小時。
根尖囊腫手術完成后，大部分預后較好，但仍需要注意口腔衛生，防止口腔潰瘍面的感染。術后恢復期間，患者可以遵醫囑口服消炎藥、止疼藥，病情定期進行觀察，一般術后在10天左右，可遵醫囑進行縫線拆除。
