腸結核早期與晚期，可以根據癥狀進行區分，但是無論疾病早晚，均應及時遵醫囑治療，避免對自身產生較大傷害。
1、早期癥狀：一般疾病起病比較緩慢，癥狀不明顯，可能只會存在消化不良、盜汗、腹痛等現象，容易被忽略。如果檢查后明確診斷，可以在醫生指導下規范服用抗結核藥物，如異煙肼片、利福平片等進行抗結核治療。
2、晚期癥狀：隨病情發展，患者會出現不同程度的發熱、腹痛、腹瀉、體力減弱等并發癥，甚至還會出現營養不良、消瘦體征以及腸梗阻、腸穿孔等情況。其中腸穿孔是比較嚴重的并發癥，好發部位在梗阻近端極度擴張的腸曲，出現后會危及生命，此時需要在醫生建議下進行分段切除吻合術、修補術等手術治療挽救生命。部分患者晚期會出現便血癥狀，應注意觀察。
如果檢查后明確存在相關疾病，應嚴格遵醫囑采取針對性治療。日常建議保證健康飲食習慣，避免長期進食不衛生的路邊攤，還應避免與他人共同使用碗筷，尤其是已知存在結核病的患者，建議使用公筷，避免疾病的傳播。