自然流產肚子疼到排出孕囊的時間沒有確定數值，是因人而異的。部分人可能幾個小時就會排出孕囊，也可能持續幾天時間才會排出，甚至需要經過手術才能取出孕囊，應根據患者的情況具體分析。
自然流產時，如果出現肚子疼，說明已經開始宮縮，從開始宮縮到孕囊排出，會出現先兆流產、難免流產，再到不全流產或完全流產的過程。患者開始肚子疼時陰道會有少量出血，如果沒有積極治療，癥狀可逐漸加重，可能會發展為難免流產。繼續發展可發展為完全流產，胚胎組織物包括孕囊排出，腹痛會逐漸消失，陰道出血也會逐漸停止，這種情況持續時間較短，可能需要幾個小時。但如果難免流產發展為不完全流產，部分胚胎組織殘留在宮腔內，孕囊可能需要幾天時間才會排出，也可能需要通過手術取出。
如果有自然流產，患者應該及時到醫院檢查，包括超聲檢查、血HCG檢查等。如果在此期間排出肉樣組織，需要將組織保存好，及時送往醫院，讓醫生判斷是否為胚胎組織。對于自然流產的患者，要注意休息，禁止性生活、盆浴等，以防感染。