舌根部囊腫一般需要手術治療。
舌根部的囊腫通常是舌下腺堵塞引起的，主要是通過手術予以去除。常規藥物治療沒有效果。
需要在支撐喉鏡下行舌根囊腫切除術。可以選取喉腔組織鉗或等離子刀頭或者是二氧化碳激光切除。如果囊腫較小且無明顯癥狀的患者，可以保守觀察，定期行喉鏡檢查。如果舌根囊腫進行性增大且患者有明顯的癥狀，如咽部的異物感，吞咽的阻噎感等，就需要考慮做手術。
舌根囊腫的手術切除主要是在全身麻醉下進行操作，可選取手術到頭、等離子刀頭或二氧化碳激光等方式將完整囊腫切除。切除下的組織最好做病理組織學檢查，以判斷其良惡性。
在發現有舌根囊腫時，建議盡早去醫院就診，由專業的醫生根據其癥狀、輔助檢查等綜合判斷，以明確是否需要去除及去除的方式。若體積較小，未引起明顯不適，可定期復查。若較大則需盡早去除。有明顯影響吞咽。