寶寶細菌性腸炎是由于細菌感染引起，臨床特征包括腹痛、腹瀉、發熱，或者肉眼可見糞便帶血、黏液等。常用的藥物包括阿奇霉素干混懸劑、苯唑西林鈉片等，要在醫生的指導下進行用藥，避免盲目用藥，出現不良后果。
寶寶細菌性腸炎主要使用抗生素類藥物進行治療，如果寶寶感染的是大腸埃希菌或沙門氏菌，要選擇抗革蘭氏陰性桿菌藥物，如阿奇霉素干混懸劑、羅紅霉素顆粒等。如果寶寶是感染了金黃色葡萄球菌引起的細菌性腸炎，要選擇苯唑西林鈉片、注射用鹽酸萬古霉素等藥物。另外，寶寶細菌性腸炎容易破壞腸道黏膜，應使用胃腸道黏膜保護劑，如硫糖鋁混懸凝膠等。同時還需要給寶寶口服腸道益生菌，如枯草桿菌二聯活菌顆粒、雙歧桿菌四聯活菌片、布拉氏酵母菌散等，通過口服腸道益生菌來調節腸道菌群，改善腸道功能。
如果寶寶腹瀉次數比較頻繁，可能會出現脫水的癥狀，伴有囟門凹陷、眼窩凹陷，同時尿少、淚少，而且皮膚彈性差，這種情況需要及時給寶寶進行口服補液，才能夠避免寶寶由于脫水出現電解質紊亂和酸堿平衡失調。