懷孕了有巧克力囊腫，一般可以做人流，但是除考慮巧克力囊腫病情嚴重程度外，還需考慮生育需求。因為巧克力囊腫患者本身懷孕幾率較正常人低，若病情嚴重，導致不孕的可能性較大。
人流包括手術流產以及藥物流產，巧克力囊腫一般不會對人流造成影響。但是巧克力囊腫屬于子宮內膜異位癥，若在囊腫早期懷孕，子宮不再出血，可一定程度上抑制巧克力囊腫病情發展，囊腫甚至會逐漸變小。這種情況下，如果孕婦仍有生育意愿，不建議做人流，孕期可監測胎兒和囊腫的發育情況。如果此時做人流，由于手術刺激，可能會導致囊腫破裂或出現蒂扭轉，容易堵塞輸卵管，引起劇烈腹痛、懷孕幾率下降甚至不孕。
如果沒有生育意愿，一般可以做人流，同時可以做囊腫剝除術，若今后沒有妊娠需求，必要時還可行子宮附件切除術治療。