附子理中丸和金匱腎氣丸理論上可以一起使用，建議患者遵醫囑用藥。
附子理中丸主要功效為溫中健脾，適用于脾胃虛寒所致的手足不溫、嘔吐腹瀉等病癥；而金匱腎氣丸具有化氣行水、溫補腎陽的功效，用于治療腎虛水腫所致的小便不利、肢冷畏寒、腰膝酸軟等病癥。
當兩者合用時，能夠溫中健脾、化氣行水、溫補腎陽，可用于治療脾腎陽虛導致的系列癥狀，如消化不良、腰膝酸軟、畏寒肢冷等。此外，附子理中丸和金匱腎氣丸的藥物成分互補，可以相互補充，共同發揮溫陽作用，增強治療效果。但是，這兩種藥物在組成成分、功效側重點、主治疾病等方面存在區別，因此在實際使用中，需要根據個人病情和醫生的建議來合理搭配使用。
同時，服用這兩種藥物時，也需要注意一些事項。例如，感冒發熱病人不宜服用附子理中丸，服藥期間忌不易消化食物；而金匱腎氣丸則忌房事、生冷食物，孕婦忌服。此外，兩種藥物的服用時間也有所不同，一般建議附子理中丸飯前半小時嚼服，而金匱腎氣丸則飯后半小時服用。