長期透析可出現全身多系統并發癥，如心腦血管、血液系統、骨骼系統等。
心臟方面的并發癥，最常見是高血壓、心力衰竭等，也可出現血管及瓣膜的鈣化，嚴重的可以出現瓣膜狹窄等。營養不良在透析患者中也很常見，表現為體重下降、肌肉含量減少等。
血液系統并發癥最常見的是腎性貧血，可由于造血原料的缺乏如鐵、葉酸等，同時還因腎臟分泌EPO不足導致。
還可出現CKD-MBD相關骨代謝異常，如骨質疏松、無動力性骨病等。此外，還可出現容量超負荷、電解質酸堿平衡紊亂等。