薏苡仁作為一種中藥材，其有一定藥性，通常不建議長期吃。
薏苡仁性涼，長期大量吃可能會讓脾胃受到寒涼之性的影響。而脾胃喜溫惡寒，長期如此，脾胃的陽氣會受到損傷，進而影響其正常的運化功能。比如，原本食欲正常的人，可能會逐漸出現食欲不振、消化不良等情況。其次，薏苡仁含有豐富的膳食纖維，適量吃有助于促進腸道蠕動。但如果長期過量吃，膳食纖維會在腸道內堆積，反而可能導致胃腸功能紊亂，引起消化不良、腹脹、腹痛等不適癥狀。
需要注意的是，薏苡仁有一定利水滲濕作用，長期大量吃可能會使體內的水分排出過多，導致血容量相對減少。因此，對于一些本身血壓就偏低的人來說，要合理進食，以免誘發或加重低血壓癥狀，出現頭暈、乏力、心慌等不適。此外，薏苡仁對子宮平滑肌有一定的興奮作用，能促使子宮收縮。對于處于妊娠期女性也要慎吃，以免增加流產的風險。
雖然薏苡仁有利水滲透濕、健脾止瀉、除痹、排膿、解毒散結等諸多益處，但日常也應注意食用量以及食用頻率，一般建議每次食用量不超過30克，每個月食用頻率控制在2-3次，食用后應注意身體的反應。
此外，對于有日常保健需求的人群而言，還可以均衡進食其他有益的食物，如綠葉蔬菜、水果、肉制品、奶制品等，以確保身體能吸收全面的營養。