次黃嘌呤和黃嘌呤的區別主要有來源不同、用途不同等。
1.來源不同：次黃嘌呤是一種嘌呤化合物，為尿酸代謝過程的產物，其主要來源是腺嘌呤脫去一個氨基。而黃嘌呤是一種廣泛分布于人體及其他生物體的器官及體液內的一種嘌呤堿，也是嘌呤代謝的產物，但其主要來源是鳥嘌呤。
2.用途不同：次黃嘌呤通常可以用于化學合成核苷類抗病毒藥品，還可以幫助鐵的吸收，促進智力的發育，還能用作巰嘌呤和硫唑嘌呤的原料。而黃嘌呤常用作溫和的興奮劑和支氣管擴張劑，常用于治療哮喘癥狀。