革蘭氏陽性菌和陰性菌是常見可導致疾病的兩類細菌，革蘭氏陽性菌通過產生外毒素使人患病，而革蘭氏陰性菌因其所含有的脂多糖使人患病，又稱之為內毒素。此外，兩者在很多方面有所區別，常見的如兩者細胞壁結構、染色法顯示結果、包含種類、發病癥狀、易患疾病和藥物敏感性等。
1、細胞壁結構：革蘭陽性菌細胞壁主要由肽聚糖、磷酸鹽等組成，更為堅韌，而陰性菌主要由肽聚糖、脂蛋白、磷脂層等組成，較疏松。此外，陽性菌肽聚糖層數多，而陰性菌層數較少；
2、染色法顯示結果：革蘭氏陽性菌染色后呈藍紫色，而陰性菌則呈現紅色；
3、包含種類：常見的革蘭氏陽性菌有肺炎雙球菌、鏈球菌、破傷風桿菌等，而常見的革蘭氏陰性菌有肺炎桿菌、痢疾桿菌和大腸桿菌等；
4、發病癥狀：革蘭氏陽性菌感染起病較急，易出現高熱，還可伴有化膿性癥狀。革蘭氏陰性菌感染后也可出現發熱癥狀，還可伴有腹瀉等癥狀；
5、易患疾病：革蘭氏陽性菌可引起蜂窩織炎、心內膜炎、感染性關節炎、膿腫 、細菌性肺炎等疾病。革蘭氏陰性菌可引起尿道炎、腸炎、腦膜炎、腹膜炎等疾病；
6、藥物敏感性：革蘭氏陽性菌對青霉素類藥物較敏感，而陰性菌不敏感。革蘭氏陽性菌對鏈霉素、四環素類藥物不敏感，而革蘭氏陰性菌對兩者敏感。