枯草桿菌一般建議使用1周左右，便秘的情況會逐漸好轉，根據個人的情況和病情的輕重，服用時間可能持續2-4周，具體用藥時間要根據醫生的要求來決定。
枯草桿菌可以治療腸道菌群失調導致的腹瀉、腹脹、便秘等癥狀，使用后能起到改善的作用。如果在腸道菌群恢復到平衡狀態后繼續服用此類藥物，則可能會再次引起腸道微生物的新變化。本品副作用較少，少數病人使用藥物后可能會腹瀉加劇，一般停藥后會逐漸自愈。對此類藥物過敏者要避免使用，同時避免與抗生素、活性炭、鉍劑等藥物合用，可能會影響療效。
建議在醫生的指導下使用此類藥物。在治療期間要注意清淡的飲食，不要吃辛辣刺激性的食物，以免加重腸胃的不適，不利于病情治療。