牙齦瘺管一般不會癌變，但如果牙齦瘺管遷延不愈，則有可能會發生癌變。當發現牙齦瘺管后，應積極進行治療，明確具體病因后，多數情況都可以根治。
牙齦瘺管屬于瘺管的一種，由于各種原因導致牙齦與牙齒之間出現瘺管。此現象主要與炎癥性疾病有關，常見原因是根尖周炎、智齒冠周炎、牙周炎等，當積極進行治療后，牙齦瘺管也會隨之消失，一般不會出現癌變。但如果慢性炎癥反復存在，則可能會使局部出現癌變，因為牙齦癌的發生，就與慢性炎癥的刺激有一定關系。
當口腔內出現牙齦瘺管后，建議及時進行專業治療。如果由于根尖周炎引起，需要及時進行根管治療，根管應進行制備、消毒、充填的處理，當根尖炎癥消退后，此現象也會消失。智齒冠周炎急性期進行局部沖洗、上藥處理，待炎癥消退后，可進一步處理，包括拔牙、牙齦切除術等。牙周炎應進行序列治療，包括牙周基礎治療、牙周手術治療等。
此外，平時還需要保持口腔衛生，堅持每天刷牙以及飯后漱口，并掌握正確的刷牙方法，選擇合適的牙刷、牙膏，也可配合牙線清理牙齒縫隙。