藿香正氣水一般均含有酒精，沒有酒精的藿香正氣水可能是指藿香正氣口服液。藿香正氣水和藿香正氣口服液的區別在于主要成分、輔料、性狀等。
1.主要成分：
藿香正氣水成分為蒼術、陳皮、厚樸、白芷、茯苓、大腹皮、生半夏、甘草浸膏、廣藿香油、紫蘇葉油。
藿香正氣口服液成分為蒼術、陳皮、厚樸、白芷、茯苓、大腹皮、生半夏、甘草浸膏、廣藿香油、紫蘇葉油。
2.輔料：
藿香正氣水的輔料為乙醇（酒精）；而藿香正氣口服液的輔料為聚山梨酯80、肉桂油。
3.性狀：
藿香正氣水為深棕色的澄清液體（貯存略有沉淀），味辛、苦；而藿香正氣口服液為棕色的澄清液體；味辛，微甜。
藿香正氣水可能引起惡心、嘔吐、皮疹、瘙癢、頭暈、潮紅、心悸等不良反應。藿香正氣水含乙醇（酒精），有服用本品后出現過敏性休克的病例。對藿香正氣水及所含成份過敏者禁用；酒精過敏者禁用。
藿香正氣口服液可能引起惡心、嘔吐、皮疹、瘙癢、頭暈等不良反應。對藿香正氣口服液及所含成份過敏者禁用。注意忌煙、酒及辛辣、生冷、油膩食物，飲食宜清淡。不宜在服藥期間同時服用滋補性中藥。有高血壓、心臟病、肝病、糖尿病、腎病等慢性病嚴重者應在醫師指導下服用。
上述藥品均應在醫師的指導下規范服用，避免自行用藥，以免延誤病情。