開始耳根疼后來太陽穴疼可能是由非疾病因素引起的，比如睡眠不足、精神因素，也可能是由感冒、偏頭痛、咽喉炎、中耳炎等疾病因素引起。
一、非疾病因素：1、睡眠不足：若近期因工作強度大或其他因素導致出現睡眠不足的情況，大腦無法休息后就可能引發腦部神經異常，進而出現頭部以及周圍組織出現疼痛，一般在休息后即可好轉；
2、精神因素：可能是由緊張、焦慮等負面情緒引起，當自身情緒影響神經功能后，就可能會出現頭暈、頭痛等不適，日常應注意保持良好心態，一般可以自行緩解。
二、疾病因素：1、感冒：多由受涼引起，當機體受涼時，抵抗力下降會使病原體更易侵入上呼吸道引發感染，進而導致患者出現頭暈、頭痛等不適。并且伴隨咳嗽、鼻塞等癥狀，如果患者因鼻塞而導致咽鼓管長時間通氣不佳，還會因此出現耳內疼痛癥狀?？勺襻t囑使用感冒靈顆粒、連花清瘟膠囊等藥物治療；
2、偏頭痛：病因不明，與多種因素有關，當患者發作時，腦部神經可能會出現異常，進而導致患者出現一側頭部跳痛的癥狀。癥狀發作前兆可能為耳內疼痛，然后逐漸轉為頭部疼痛，還會伴隨畏光、畏聲等不適，可遵醫囑使用布洛芬緩釋膠囊、對乙酰氨基酚片等藥物治療；
3、咽喉炎：由細菌等病原體引起的咽喉炎癥，炎癥使患者咽喉周圍組織出現腫脹疼痛感，可能會影響耳根部位導致疼痛。炎癥較重時還會使機體出現頭暈、頭痛癥狀，并且伴隨咽干、晨起清嗓等異常表現，可遵醫囑使用清喉利咽顆粒、阿莫西林膠囊等藥物治療；
4、中耳炎：可能是由于耳內進水、頻繁采耳等因素引起，炎癥刺激導致分泌物增多，刺激黏膜后會引發患者耳痛癥狀，如果癥狀持續疼痛感還可能會向頭部放射。并且伴隨耳鳴、聽力下降等不適，可遵醫囑使用氧氟沙星滴耳液、鹽酸左氧氟沙星滴耳液等藥物治療。
此外，中醫角度認為肝火旺盛的人群也會出現咽喉不適和鼻腔不適，也就是常說的上火。建議患者日常注意多喝水，天氣變化時注意增減衣物，如果持續不見好轉，應及時到醫院耳鼻喉科就診。