懷孕期間發現胎兒畸形是一個令準媽媽們非常困惑和擔憂的問題。在您提到的案例中，胎兒被診斷為腦積水和腹積水，這可能是由多種因素引起的。
首先，胎兒畸形的原因可以分為幾大類：感染、代謝異常、遺傳因素以及環境因素。例如，某些病毒感染（如風疹病毒、巨細胞病毒）可能在孕期影響胎兒發育；某些代謝疾病也可能導致胎兒出現異常；此外，家族中有類似病史的情況也不能完全排除遺傳因素的影響。
您提到曾經在不知懷孕的情況下服用過中藥治療頭疼，并咨詢了醫生藥物對孩子是否有副作用。一般來說，醫生會根據藥物的安全性分類（如FDA的A、B、C、D、X分級）來評估對胎兒的風險。但即便如此，某些情況下仍可能存在不確定因素。
產前檢查是早期發現胎兒異常的重要手段。通過定期的超聲波檢查和其他產前篩查項目，可以在較早階段發現問題，并與專業醫生討論后續處理方案。
如果您正在經歷這樣的困擾，請保持冷靜并與您的醫療團隊密切溝通。他們將根據具體情況為您提供專業的建議和支持。同時，也要注意自身的身體和心理狀態，合理安排孕期保健。