靈芝孢子油是通過特殊技術從破壁的靈芝孢子中提取的油狀脂質物，集成了靈芝孢子的多種活性成分，醫生不建議吃靈芝孢子油通常是為了避免增加腸胃負擔、避免引起過敏、避免造成嗜睡等。
1、避免增加腸胃負擔：雖然靈芝孢子油對身體有一定好處，因其有助于促進腸道蠕動，如果存在過量吃靈芝孢子油的情況，就可能增加腸胃負擔，造成腸道蠕動加快，引發腹瀉。
2、避免引起過敏：因為靈芝孢子油中含有的某些成分容易引起過敏，所以如果個人體質較為敏感，就可能在吃靈芝孢子油后出現皮膚瘙癢、紅腫、出疹等過敏反應，部分人群還可能伴隨咳嗽、呼吸困難等癥狀。
3、避免造成嗜睡：靈芝孢子油一般有助于調節免疫系統以及神經系統，維持身體的新陳代謝，并且還可在一定程度上抑制大腦神經興奮，如果服用方式不當，可能因大腦神經受到過度抑制，引起嗜睡。
此外，還可能增加肝臟的負擔、造成內分泌失調等，并且孕婦吃了還可能影響胎兒發育，靈芝孢子油屬于保健品，不能代替藥物，建議需要用藥時遵醫囑進行。