并沒有臨床研究統計羊水少時，胎兒畸形的概率能夠達到多少，也就是不能夠單純依靠羊水少，來直接判斷胎兒畸形的概率。但胎兒出現畸形時，可能會導致羊水減少的情況。
懷孕早期和懷孕中期，在排除孕婦本身血容量出現驟降的情況下，如果出現羊水少的情況，通常預示著胎兒染色體有問題，或出現胎兒畸形的情況。胎兒的尿液是羊水重要的組成成分，如果胎兒出現泌尿系的梗阻或泌尿器官發育不良的現象，就會導致胎尿明顯減少，從而導致羊水少的現象，而不能判定為是羊水少導致的胎兒畸形。此外，如果是在懷孕晚期，尤其是在足月后，出現羊水逐漸減少，甚至羊水過少的情況，通常是自發性的羊水減少，是由于孕周已經達到足月狀態，胎盤功能下降導致，與胎兒畸形并沒有特別大的關系。
在懷孕期間，建議孕婦嚴格遵醫囑進行定期產檢，如果早期發現羊水少的情況，需及時進行干預，如多喝水、靜脈補液等，必要時需要及時終止妊娠。