扁桃體上面的窟窿，在臨床上被稱為扁桃體隱窩，正常情況下，肉眼中的扁桃體表面本身并不是光滑的，有一定的褶皺和凹陷，屬于生理現象，無需進行處理。但如果肉眼可見扁桃體隱窩伴有白色假膜、膿點等，則可能發生了扁桃體潰瘍、扁桃體炎、扁桃體結石等，需就醫進行治療。
1、扁桃體潰瘍：當口腔發生細菌感染、缺乏某些營養元素，如鋅、鐵、維生素B2、維生素B6等，容易出現口腔潰瘍，口腔潰瘍嚴重時可蔓延至扁桃體上，從而出現扁桃體隱窩上有白色假膜的情況，可伴有紅腫、糜爛、白色的分泌物，可以使用漱口液，如復方氯己定含漱液、甲硝唑含漱液等，去除口腔內的異味和微生物，同時給予口服抗生素，如青霉素、甲硝唑等進行系統性的抗感染治療，如果存在營養元素缺乏的情況，可遵醫囑服用多維元素片等補充維生素和礦物質，幫助改善潰瘍情況；
2、扁桃體炎：因扁桃體上有扁桃體隱窩，容易聚集食物殘渣造成微生物的繁殖，故容易發生扁桃體炎，扁桃體上細菌大量繁殖產生各種化膿性物質，這些化膿性物質可堆積在扁桃體隱窩表面。對于扁桃體炎患者建議使用抗生素，如頭孢菌素、紅霉素或磺胺類藥物等進行抗感染治療，必要時可進行扁桃體切除術，以防扁桃體炎的反復發生；
3、扁桃體結石：由于扁桃體存在扁桃體隱窩，可能導致食物殘渣、壞死細胞等在其中積聚，進而形成扁桃體結石，可伴有疼痛、口臭、異物感、吞咽困難等表現。一般可采用剮蹭取石法摘除扁桃體結石，同時囑咐患者多飲水，適當運動，以增強體質，減少疾病的發生。