冠狀動脈肺動脈瘺一般不會自愈。確診為冠狀動脈肺動脈瘺后，若瘺口較小，沒有任何癥狀，通常無須特殊治療。若瘺口較大，出現不適癥狀，需要通過手術進行治療。
冠狀動脈肺動脈瘺屬于先天性疾病，該疾病主要是由于冠狀動脈與心腔或者管腔間存在異常交通而形成短路，可能是因妊娠早期母親患有病毒感染，或者營養不良，子宮受到了某些物理、化學因素影響，以及遺傳因素影響所引起，一般不會自愈。如果冠狀動脈肺動脈瘺的瘺口較小，未出現任何不適癥狀，可以隨訪觀察，不用特殊治療。如果冠狀動脈肺動脈瘺的瘺口較大，會出現胸悶、胸痛、呼吸困難等表現，甚至是栓塞的表現，此時需要通過手術進行治療，比如介入治療、開胸手術等。介入治療適用于終末支單瘺口的情況，因年紀大、嚴重心肺功能不全等情況而不耐受開胸手術者也適合做介入手術。開胸手術主要用于瘺口呈多發性或較為粗大的患者，以及伴有血管瘤的患者。