因為個體差異性的存在，所以任何治療手段對于機體的效果是不一樣的。通常，臭氧沖洗對于治療某些婦科疾病有一定作用，可以達到短期的殺菌、修復損傷的效果，但存在一定的缺陷，所以要結合自身的情況及專業醫生的建議進行綜合考慮。
臨床上臭氧沖洗主要應用于陰道炎以及宮頸炎的治療。可以通過臭氧霧化以及臭氧沖洗，對于炎癥進行治療，可以起到有效殺菌抗炎的作用，因為這種方式可以清除陰道內存在的病原體，所以治療效果較為明顯。但是臭氧沖洗治療通常需要一天一次，一般一周作為一個療程，療程結束后才會有比較明顯的效果。而臭氧沖洗治療可能破壞陰道內環境平衡，造成陰道菌群失調，因此臭氧沖洗通常作為輔助治療方式。
臨床上針對婦科炎癥的治療通常以口服藥物配合物理治療為主，較少選擇單用婦科臭氧沖洗進行治療。每一種病原體都有針對性的藥物，如滴蟲性陰道炎可以選用甲硝唑，沙眼衣原體感染的宮頸炎可以選用四環素類藥物進行口服，如鹽酸四環素、多西環素等，這些藥物治療效果較好。