三個月寶寶睡著了哭泣但是沒醒的原因一般可能與小兒夜驚有關，也可能與缺乏微量元素有關，還有可能與缺乏安全感有關。
1、小兒夜驚是指在1歲以內的哺乳嬰兒，因為寒、熱、受驚等因素導致的夜間定時啼哭，如果寶寶經常處于嘈雜、氣氛冷漠的環境里的話，那么寶寶的睡眠質量肯定會在一定程度上受到影響，所以最好給寶寶營造一個安靜溫暖的睡眠環境。
2、如果寶寶經常發生睡著了哭泣但是沒醒的情況，也可能是因為缺乏一些微量元素，應該及時去往醫院進行相關檢查，多數情況是因為寶寶缺乏鈣而發生哭鬧，可以在醫生的指導下選擇鈣片進行補充。
3、當寶寶沒有安全感的時候也可能會發生睡著了哭泣但是沒醒的情況，這個時候應該及時進行安撫，盡量陪同寶寶入睡。
如果癥狀長時間未得到緩解的話，應該及時就醫。