斜視手術可能出現縫線肉芽腫、角膜干凹斑、矯正不足或矯正過度等后遺癥。如果護理不當還可能出現感染的風險，比如眼內炎等。具體如下：
斜視是常見的眼科手術，屬于有創操作手術，如術中使用較粗縫線，術后由于縫線的刺激，則易發生肉芽腫和角膜干凹斑，但可在數天內消失，且不留痕跡。
術中操作不慎，穿破眼球或術中受創的節狀前動脈分支超過一半以上，術后易出現眼內感染的風險，比如眼內炎、鞏膜穿孔等。其次在手術設計時出現誤差，術后會導致患者眼位不正，出現欠矯或過矯的情況則需要二次手術。