病毒性結膜炎一般能自愈，但建議配合藥物使其更快治愈。病毒性結膜炎輕癥病例持續一周，重癥病例達三周。一般有流行性角結膜炎、流行性出血性結膜炎以及咽結膜炎等。常有的藥物有阿昔洛韋滴眼液、利巴韋林等。具體如下：
1、流行性角結膜炎：由腺病毒感染引起，表現為畏光、流淚、疼痛、水樣眼屎等，可持續三周到四周。疾病早期常一眼先發病，數天后對側眼也受累，但是病情相對較輕。一般以抗病毒治療為主，選擇敏感的抗病毒藥物，比如利巴韋林滴眼液，阿昔洛韋滴眼液或者更昔洛韋眼用凝膠來控制局部的炎癥。
2、流行性出血性結膜炎：又稱紅眼病，是由病毒感染導致的，該病具有一定的傳染性。患者大多會出現眼睛紅腫、畏光流淚、眼部有異物感、輕度視力障礙等癥狀。可以局部應用如阿昔洛韋、干擾素、利巴韋林等抗RNA病毒或廣譜抗病毒藥物，如合并細菌感染，可合用抗生素滴眼液。因為該病為傳染病，所以患者應隔離至癥狀消失為止。
3、咽結膜炎：多是腺病毒三型引起，表現為患者全身無力、體溫升高、頭痛、咽痛，還有咽部充血、淋巴組織增生等。可以使用阿昔洛韋眼藥水或更昔洛韋眼用凝膠等進行治療。