通常不存在效果最好的治療病毒性結膜炎的藥物，患者可以遵醫囑使用阿昔洛韋滴眼液、更昔洛韋滴眼液、利巴韋林滴眼液等藥物，效果通常是比較好的。

1、阿昔洛韋滴眼液：

阿昔洛韋滴眼液是一種核苷類抗病毒藥，對多種皰疹性病毒具有抑制作用。如果患有病毒性結膜炎，可以適量使用該藥物，可以緩解眼部疼痛、畏光、流淚等癥狀。

2、更昔洛韋滴眼液：

更昔洛韋滴眼液對人巨細胞病毒、單純皰疹病毒、EB病毒等多種皰疹病毒均有抑制作用，可以用于治療病毒性結膜炎，緩解眼睛充血、結膜水腫、異物感等癥狀。

3、利巴韋林滴眼液：

利巴韋林滴眼液可以抑制流感病毒、甲型肝炎病毒、腺病毒等多種病毒，使病毒的復制和傳播受到抑制，對于病毒性結膜炎有一定的治療作用，能緩解患者出現的不適癥狀。

此外，患者還可以遵醫囑使用人干擾素α2b滴眼液、氟米龍滴眼液等藥物，也能起到較好的治療效果。患者平時要注意保護眼睛，少用臟手揉眼睛，經常做眼保健操，緩解眼睛疲勞。