二甲雙胍和阿卡波糖均屬于較安全的口服降糖藥物，但是對于部分患者會有副作用，二者相比，阿卡波糖的副作用相對較大。
1、二甲雙胍：二甲雙胍可以抑制肝糖原的輸出，增加外周組織對胰島素的敏感性，從而降低血糖。患者常有惡心、嘔吐、腹瀉、味覺異常等副作用，有時還會出現腹痛、便秘、腹脹、消化不良等癥狀。二甲雙胍的副作用較小，在治療過程中出現不耐受的最初跡象，不必停藥，一般會自行消失。二甲雙胍是治療2型糖尿病的首選和全程藥物，可與磺酰脲類降血糖藥合用，具協同作用。
2、阿卡波糖：阿卡波糖屬于糖苷酶抑制劑，可以減少或延緩胃腸道對葡萄糖的吸收。患者服用阿卡波糖片，可能會出現胃腸脹氣和腸鳴音，偶有腹瀉、腹脹、排氣增多等現象，極少見有腹痛，這是因為糖類在小腸內分解及吸收障礙，導致胃、腸功能的紊亂。如果不遵守規定的飲食控制，或者沒有按照醫囑服藥，則胃腸道副作用可能加重。出現胃腸道癥狀，可在醫生指導下停藥，更換其他治療藥物，一般可以自行緩解。