孕囊不發育不一定會自然脫落。當出現孕囊不發育時，應及時到醫院進行HCG、孕酮等指標的檢查，并結合自身生活史等情況判斷孕囊不發育的原因，之后在醫生的指導下采取處理措施。
孕囊不發育可能是受到胚胎自身因素或者是受到母體因素等原因導致，如胚胎本身質量較差、懷孕期接觸有毒有害物質等，部分女性在胚胎停止發育，也就是孕囊不發育一周左右會自然脫落。但是有些發育不良的孕囊，由于體型比較大，無法自然脫落，這時需要通過人流手術等方式排出體外。孕囊不發育如果不及時進行治療，可能會因為孕囊壞死而滋生細菌，造成母體受到感染，導致子宮炎癥等危害。如果懷疑有孕囊不發育的情況，需要及時到正規醫院去做B超檢查，然后對癥進行治療。
女性人流手術后都需要在恢復期間做好日常的護理工作，注意好陰道的清潔和衛生，在飲食上可以多吃富含維生素以及蛋白質豐富的食物，補充身體所需要的營養，定期到醫院復查，防止出現意外情況。