中藥用微波爐加熱一般會影響藥效。
微波爐加熱食物的原理是由內至外，主要是通過微波來作用于食物，從而促使其內部分子產生振動，這時會產熱讓食物溫度升高。所以如果使用微波爐加熱中藥，就會導致藥材當中的分子水平受到破壞，讓藥物變性，甚至會失去原有功效，還會產生一些毒性物質。
另外，微波爐升溫快，水分容易蒸發，加熱時間短，不能使藥材中有效成分充分地溶出，而且還容易使藥液溢出，造成浪費，從而降低藥效。
中藥的煎煮根據藥物的性質和質地不同其加熱時長也有所區別。微波爐是在密閉環境內統一進行加熱，難以根據不同藥物的性質而隨時調整加熱時長。有些中藥需用文火慢煮，有些中藥需用武火急煎，微波爐的加熱溫度并不能根據藥物性質調到合適溫度。
建議使用中藥的患者，在醫生指導下進行服用。