新生兒陰莖小，可能與遺傳因素有關。另外，有可能是個人身體比較肥胖或者出現了典型的隱匿性陰莖。具體原因需要及時到醫院進行全方位檢查，才可以明確。陰莖屬于男性身體當中比較重要的器官，如果陰莖過于短小，可能會影響到日后的性生活或者生育情況，所以要及時進行處理。
1、遺傳因素：如果父親的陰莖比較小，由于遺傳因素的影響，可能也會導致新生兒陰莖也過于短小；
2、身體肥胖：部分新生兒出生以后脂肪比較多，局部的脂肪量增加，性激素代謝或者轉化異常，可能會導致陰莖局部的肉膜層發育比較差。從而影響到外生殖器的發育，從外觀上看起來新生兒陰莖小；
3、隱匿性陰莖：部分新生兒在出生以后，就出現了明顯的海綿體或者是尿道海綿體發育欠佳，導致陰莖隱匿的狀況。此時會導致陰莖體不能夠進入到陰莖皮膚以及包皮腔內，從而出現新生兒陰莖小的情況。