阿莫西林和頭孢是兩種不同種類的廣譜抗生素類藥物，阿莫西林屬于廣譜青霉素類抗生素，頭孢屬于頭孢菌素類抗生素，因此二者的功效作用存在一定差異，主要體現在作用機制、抗菌譜、適用疾病等方面。
1、作用機制：阿莫西林是通過抑制細菌細胞壁生物合成而導致細菌死亡，對增殖期的敏感細菌具有抑菌作用。而頭孢是通過改變細菌細胞膜的通透性來抑制蛋白質合成，并釋放自溶素殺死細菌，具有殺菌作用；
2、抗菌譜：阿莫西林對于大多數致病性的革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌，均具有強大的抗菌作用。頭孢種類較多，分為四代，每一代頭孢的作用都有所不同，因此頭孢的抗菌譜非常廣，主要應用于金黃色葡萄球菌、化膿性鏈球菌、肺炎雙球菌、白喉棒狀桿菌、肺炎桿菌、變形桿菌和流感嗜血桿菌引起的感染；
3、適用疾病：在臨床上阿莫西林主要用于治療敏感菌引起的中耳炎、鼻竇炎、咽炎、扁桃體炎等上呼吸道感染，部分尿道炎、宮頸炎、皮膚和軟組織感染，可以與克拉霉素、奧美拉唑等聯合用藥，用于根除胃部及十二指腸部位的幽門螺桿菌。頭孢在臨床上主要用于治療耐藥菌引起的嚴重感染，例如肺部感染、尿路感染、敗血癥、腦膜炎及心內膜炎等疾病。
阿莫西林和頭孢雖然都是抗生素藥物，但在治療疾病及功效作用上存在一定差異，不可盲目用藥，需要在醫生指導下使用。