如果僅是甲狀腺過氧化物酶抗體高，沒有合并甲狀腺功能的異常，可不用藥物進行治療，定期復查甲狀腺功能和甲狀腺彩超即可。如果伴有其他異常情況，降低甲狀腺過氧化物酶抗體臨床并沒有較好的治療方法，沒有特效藥物可以將抗體水平降下來。但可以通過口服抗甲亢藥物、含有微量元素硒的藥物，起到一定輔助治療的作用。
甲狀腺過氧化物酶抗體高可以通過抗甲亢藥物、甲狀腺素制劑、含有微量元素硒的藥物進行長期治療，如甲巰咪唑和丙硫氧嘧啶片、左甲狀腺素鈉片等，具有一定治療甲狀腺過氧化物酶抗體高的作用。硒酵母片或硒酵母膠囊如果聯合左甲狀腺素鈉片，對治療甲狀腺過氧化物酶抗體高也有著較好的療效。