生殖器皰疹潰瘍的系統性藥物治療在臨床實踐中與單純皰疹的治療方法相似。在醫生的專業指導下，外用藥物治療可以選擇使用抗病毒藥物，但同時也需要注意預防細菌的二次感染。
1、系統性藥物治療：初次發病通常是由單純皰疹病毒1型引起，患者可以按照醫生的建議口服阿昔洛韋分散片、鹽酸伐昔洛韋分散片或泛昔洛韋分散片進行治療。對于復發型的治療，通常是間歇性的。建議在出現前驅癥狀或皮膚損傷后的24小時內開始治療，并可以按照醫生的建議口服阿昔洛韋分散片等藥物進行治療，對于原發感染癥狀嚴重或皮膚損傷廣泛的患者，可以按照醫生的建議，通過靜脈注射阿昔洛韋溶液等藥物進行治療。
2、外用藥物治療：患者通常主要接受抗病毒、收斂、干燥和預防感染的治療。在醫生的建議和指導下，可以選擇使用阿昔洛韋軟膏、噴昔洛韋乳膏或爐甘石洗劑進行治療。而當出現繼發感染時，夫西地酸乳膏、莫匹羅星軟膏等藥物也是一個不錯的選擇。
當患者出現生殖器皰疹癥狀時，建議盡快前往醫院的皮膚科進行全面的檢查，包括血常規檢測和病原學分析等。在明確了疾病原因后，應在醫生的專業指導下進行治療，而不是盲目地使用藥物。