腸道菌群失調是否嚴重需要看引起了哪些疾病。腸道菌群失調可能會導致慢性腹瀉、肝病、動脈粥樣硬化等情況，需要根據具體病因治療。
1、慢性腹瀉：很多慢性腹瀉跟腸道菌群失調有關，此時一般不太嚴重，患者需積極調整腸道菌群，遵醫囑使用雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片、雙歧桿菌四聯活菌片等藥物治療。
2、肝病：腸道菌群失調可能會引起膽汁酸代謝改變、內毒素代謝紊亂等，可能會影響肝功能，嚴重時出現肝病，此時比較嚴重。建議患者使用拉米夫定片、恩替卡韋片等藥物治療。
3、動脈粥樣硬化：腸道菌群失調可能會升高膽固醇水平，大量膽固醇在此沉積，久而久之造成動脈粥樣硬化，此時也比較嚴重。患者可遵醫囑使用辛伐他汀片、氟伐他汀鈉膠囊等藥物治療。
此外，長期的腸道菌群失調還有極少數情況會導致腸癌，可遵醫囑使用注射用奧沙利鉑、鹽酸伊立替康注射液進行治療。建議患者及時就醫，查明病因后對癥治療。